从医以来，钟南山先后取得了国家、省市各级科研成果20多项，其中国家级科技进步三等奖一项，部省级科技进步二等奖各一项，三等奖一项，在国内外医学杂志发表论文70多篇。他是近十几年来推动中国呼吸疾病科研和临床事业走向世界前列的杰出领头人之一。他和他的同行们在这个专业的突出贡献，奠定了中国呼吸疾病某些项目的研究水平在亚太地区的领先地位。用“著述等身”、“声名显赫”来形容钟南山的成就一点也不为过。
钟南山主持过多项国家自然基金课题、国家攻关课题、卫生部及省科委重点课题，有13项成果获得了卫生 部、国家教委、广东省科委及广州市科委的奖励。其中，制作的GD微型最高呼气流速仪获1980年广东省科技进步三等奖
《转基因因子研究》获1982年广州市科技成果一等奖
《哮喘及气道高反应性》获1994年卫生部重大科技成果三等奖。他从自己获得的广州市科技进步金鼎奖的奖金中拿出一半（5万元），用来奖励在科研中取得成绩的年轻人。
2010年12月6日，钟南山等十人获评“十佳全国优秀科技工作者”
著作 应用siRNA策略研制预防和治疗SARS疾病特效药动物实验（广东省科学技术二等奖 2008）
慢性咳嗽的病因诊断程序、发病机制及其治疗研究（广州市科学技术进步一等奖 2008）
SARS冠状病毒灭活疫苗及相关研究 （广州市科学技术进步二等奖 2008）
创建防治结合型全科医学人才培养模式，推动社区卫生服务可持续发展（国家级教学成果二等奖 2009）
利用食道电极膈肌肌电图触发呼吸机送气的方法（发明专利 2008）
一种能同时监测胃内压和膈肌肌电的装置（实用新型 2009）
肺靶向大黄素乳酸微球的制备方法及其在抗小鼠肺纤维化中的应用（发明专利 2010）
临床技术操作规范－呼吸病学分册（2008）
呼吸内科学（2008）
甲型H1N1流感防治知识（2009）
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中山大学附属第一医院